Hijo de Sancho III el Mayor de Navarra, que había instaurado la monarquía navarra en Castilla y León, al apoderarse de León y casar a Fernando con Sancha, hermana de Bermudo III de León, muerto en la batalla de Tamarón.

Fernando se convirtió así en el primer rey de la «belicosa Castilla», en expresión de un historiador de la época. No tardó en verse enfrentado a su hermano García III Sánchez de Navarra, al cual derrotó y dio muerte en Atapuerca, en 1054, con lo cual reafirmó su posición entre los reinos cristianos. La debilidad del califato de Córdoba, por entonces en pleno proceso de desintegración en reinos de taifas, le permitió avanzar hacia el sur, campaña en la cual conquistó diversos territorios en el valle del Duero y sometió a vasallaje a varios reinos musulmanes.